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Using Bayes formula to estimate rates of rare events in transition path sampling simulations

机译:使用贝叶斯公式估计过渡路径中罕见事件的发生率   抽样模拟

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摘要

Transition path sampling is a method for estimating the rates of rare eventsin molecular systems based on the gradual transformation of a path distributioncontaining a small fraction of reactive trajectories into a biased distributionin which these rare trajectories have become frequent. Then, a multistatereweighting scheme is implemented to postprocess data collected from the stagedsimulations. Herein, we show how Bayes formula allows to directly construct abiased sample containing an enhanced fraction of reactive trajectories and toconcomitantly estimate the transition rate from this sample. The approach canremediate the convergence issues encountered in free energy perturbation orumbrella sampling simulations when the transformed distribution insufficientlyoverlaps with the reference distribution.
机译:过渡路径采样是一种基于分子分布的渐进转换方法,用于估计分子系统中稀有事件的发生率,方法是将包含一小部分反应性轨迹的路径分布逐渐转换为偏向分布,在这些偏向分布中,这些稀有轨迹变得非常频繁。然后,实施多状态重新加权方案以对从阶段仿真中收集的数据进行后处理。在这里,我们展示了贝叶斯公式如何允许直接构造包含增强的反应轨迹分数的偏差样本,并由此估计该样本的跃迁速率。当变换后的分布与参考分布不充分重叠时,该方法可以纠正在自由能扰动或伞状采样模拟中遇到的收敛问题。

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